Gdy warstwa nie jest już potrzebna można ją usunąć. Po kliknięciu przycisku , usunięte zostaną wszystkie obiekty do niej należące. Oczywiście ta operacja będzie miała wpływ tylko na aktualnie wybraną wartstwę.
Wykonywanie tych działań jest dobrym sposobem na utrzymanie diagramu przejrzystym i jasnym w razie potrzeby eksportowania do innego formatu niż własny format programu Dia.
Należy zwrócić uwagę, że każdy stworzony diagram musi zawierać co najmniej jedną warstwę. Diagram nie zawierający ani jednej powinien być traktowany jako uszkodzony co z kolei uniemożliwia wyeksportowanie czy też zapisanie go do własnego formatu Dia.