Jedynym gwarantującym zachowanie wszystkich informacji formatem jest Dia XML. Na szczęście rzadko będzie zachodziła potrzeba zapisu pliku w stratnym formacie gdyż opcja Plik->Zapisz zawsze tworzy plik w formacie Dia XML.
Pliki w formacie Dia XML są automatycznie kompresowane przy użyciu programu gzip i zapisywane na dysk. To jest konieczne gdyż, bez kompresji, nawet proste diagramy byłyby bardzo duże z powodu przechowywana powielonych informacji. Ponieważ pliki Dia XML są już skompresowane nie należy próbować kompresować ich ręcznie —to nic nie da.