秀丸エディタは、基本的にはエンコードを自動的に判別するので、(自動判定が有効になっていれば)何の設定も必要ではないです。 特定のエンコードを使う場合は種々の方法が存在します。 (自動判定で、全てのエンコードを間違いなく判定する保証はないです。)

1. 自動判定を有効にする。

   「その他」→「動作環境」→「ファイル」→「エンコード1」→「自動判定で開くとき」で、 「ファイルの内容を解析してエンコードの種類を自動認識する」をＯＮにして下さい。
   (「エンコード1」が表示されていない場合は、「動作環境」画面左下にある「上級者向け設定」をONにしてください)

   
   

2. ファイルを開くときに明示的に文字コードを指定する。

   メニューの「ファイル」→「開く」等のダイアログで、「文字コード」で正しい文字コードを指定します。

3. ファイルのエンコードを指定したショートカットを利用する。

   ショートカットの作成方法は、テキスト編集を極める！！　起動オプションを使ってみよう を参照してください。

4. (EUCコードの場合のみ)保存するフォルダを決めておく。

   秀丸エディタの「その他」→「動作環境」→「ファイル」→「エンコード2」にある、 「EUCコードの指定ドライブ」の欄にドライブを指定し、EUCコードのファイルはそこに保存する。