searchup/searchdown文を使うことによって、検索バッファの内容が書き換えられてしまうために起こる現象です。 「setcompatiblemode文」を使えば、マクロ内で検索系コマンドを実行しても、 マクロ終了後に検索条件をマクロ実行前と同じに戻すことが出来ます。

マクロの先頭で、

setcompatiblemode 0x00020000;

を実行しておけば、検索条件が保存され、マクロ終了時に復元されます。