grepの機能も秀丸エディタ本体の機能と同様にテキストファイルが対象なので、 そのままではワープロソフトで作成されたファイルに対してgrep を行うことはできません。
ワープロソフトで作成されたファイルに対してどうしても grep を実行したい場合は、 そのワープロソフトで「テキストファイル形式」にして保存し、 そのファイルに対して grep を実行します。

直接、ワープロソフトを使用しないで、テキスト形式に変換する方法もあります。

EB series support pageにある、 「xdoc2txt」を使用すれば、PDF、WORD、EXCEL、一太郎などの各種バイナリ文書から、 テキストを抽出可能です。