これは秀丸エディタ側の問題ではなく、Windows95の『仕様』です。 ショートカットのコマンドラインに（ファイル名以外の）起動時オプションを指定した時、 そのショートカットにドラッグ＆ドロップすると、 指定していた起動時オプションがアプリケーション側に渡されない『仕様』になっています。 （「送る」についても同様です）
＃Microsoftさんには、ぜひとも『仕様の拡張』をお願いしたいものです。(^^;)

起動時オプションも有効なショートカットを作成したい場合、以下のようにしてバッチファイルをつくる方法があります。

秀丸エディタ等のエディタを使ってバッチファイル（拡張子が BATのファイル）を作ります。 テキストの本文には、ショートカットのコマンドラインに本来書きたいコマンドを記述します。 例えば、閲覧モードでファイルを開きたい場合は

"*秀丸エディタがインストールされているパス*\\hidemaru.exe" /B %1

と書きます(２重引用符 " も必要です)。

作ったバッチファイルに対するショートカットを作成します。 ショートカットのプロパティを開き、「プログラム」タグの「プログラム終了時にウィンドウを閉じる」 にチェックを入れておきます。 また、「その他」タグの「バックグラウンド時の設定」-「つねに実行を中断」をオフ（チェックしない） にします。

できたショートカットを動作チェックして、秀丸エディタがちゃんと起動することを確認したら、 ショートカットのプロパティの「プログラム」タグの「起動時の大きさ」を「最小化の状態」にします。