一般に文字コードの判別に関しては、100%の対応はどんなソフトウェアでも難しいので、最終的には目で見て確認するのがベストです。

標準の Shift_JISコードだけを使っている場合には問題は起きません。 しかし他の文字コードも使っている場合には、上書き保存した時に予期せぬ文字コードに変換されてしまうことがあります。 一見しても見分けられないだけに厄介です(^^;)。

[補足]

秀丸エディタで自動認識を有効にするには。「その他」→「動作環境」→「ファイル」→「エンコード１」にある、 「ファイルの内容を解析してエンコードの種類を自動認識する」をＯＮにして下さい。
(「エンコード1」が表示されていない場合は、「動作環境」画面左下にある「上級者向け設定」をONにしてください)

「上へ」、「下へ」のボタンで、エンコードの優先順を変更可能です。 また、新規ファイル作成時のエンコードを指定する事も可能です。